1980年，全国政协委员、著名生态学家侯学煜先生（已故）来安徽考察，听取省里有关专家、学者关于牯牛降自然资源与生态情况的介绍后，建议将牯牛降建为自然保护区。

1982年，省政府在林业厅的汇报、提议下，批准成立牯牛降自然保护区

1983年6 月，由省科委、省林业厅组织了省内各学科的科技人员五十多名，对牯牛降进行了大规模的综合考察，摸清了保护区的自然条件，自然资源，动植物区系成分，森林 植被类型，珍稀濒危的植物群落、生态、分布等状况。提出了各学科和专题报告及动植物各录等一系列珍贵资料，编制出版了《牯牛降科学考察集》。

1988年5月9日，国务院根据林业部报告，以国发字88（30）号文件批准公布了包括牯牛降在内的第二批国家级森林和野生动物类型的自然保护区。使牯牛降成为安徽省第一个国家级的以森林生态系统为主的综合性自然保护区。

1989年6月调查编制了《牯牛降国家级自然保护区总体规划及设计任务书》。
1989年9月23日，省林业厅摄影记者姚家宁高工同黄山市《黄山日报》社汪扬同志、市县林业局领导一行十余人到牯牛降自然保护区主峰拍摄牯牛降资源、风光林业系列片，并在安徽电视台播放。

1990年4月15日，原林业部部长高德占同志（现全国人大财经委员副主任）一行在安徽省林业厅厅长吴天栋同志，黄山市副市长陈灶福同志的陪同下，前来牯牛降自然保护区祁门管理站视察，了解保护区的基本情况和特色。

1991年5月28日，安徽省人大野生动物保护调查组来保护区考察野生动物分布、保护及管理情况，祁门县林业局朱继甫局长代表林业局、牯牛降祁门管理站汇报了情况。

1992年5月，省政府副省长汪涉云同志(现省政协副主席)来保护区视察。
1992年7月，祁门县提出了开发牯牛降自然保护区观音堂景点的设想，并付诸实施。目前，大赤岭通往观音堂的公路已修通。
1992年9月18日，全省自然保护区工作会议在祁门管理站召开。

1993年3月23日，原林业部护林防火指挥部巡视员、林业部副部长蔡延松先生来保护区站检查工作。 1993年3月28日，世界银行与世界生物物种多样性优先领域中国专家组组长宋朝枢先生、官员张清华女士前来牯牛降进行生物多样性考察，争取推荐牯牛降列入世界人与生物圈项目。
1993年5月15日，省政府办公厅一办、财政厅、林业厅、编委等联合来保护区探讨、研究牯牛降自然保护区人员编制、经费问题。

1994年3月13日，林业厅周蜀生厅长等来保护区听取工作汇报。

1995年7月13日，省林业厅周蜀生厅长一行在祁门县江远生书记、项金如县长、林业局朱继甫局长等领导的陪同下兴致勃勃地登上人迹罕至、海拔1526米的大历山进行森林旅游探险考察。 1995年9月9日，省人大孟富林主任，黄山市人大吴存心主任、黄山市政府桂建平市长在祁门县委、政府领导陪同下来牯牛降视察。
1995年10月26日，广州、厦门、福建、江苏等地旅行社老总来牯牛降自然保护区考察森林生态旅游开发情况。

1996年5月2日，祁门县委廖国正书记等到观音堂实验区考察公路施工建设情况。 1996年5月23日，省政协孟亦琦副主席，原林业厅钱正伐副厅长等来牯牛降视察。

1997年5月5日，安徽省政府杜宜瑾副省长在省政府副秘书长王坦、省计委副主任迟宦都、池州行署副专员陪同下视察了牯牛降石台管理站。

1999年7月，东南大学黄羊山教授考察了牯牛降。
1999年9月，跨世纪保卫绿色行动全国百家新闻单位安徽省走进自然保护区采访团在省林业厅副厅长刘永春和池州行署林业局周美君副局长的带领下考察、采访了牯牛降石台管理站。
1999年10月21日，祁门县五大班子及有关部门负责人在牯牛降召开旅游工作会议，发挥优势特色，呼应黄山旅游大格局。
1999年11月，省环保局和地区环保局对牯牛降进行了考察。
1999年12月，《人民日报》海外版钟嘉副主任在地委宣传部韩贤梅女士的陪同下考察了牯牛降。
1999年12月，黄山市日报社和黄山市旅游局在牯牛降祁门县保护站联合召开了黄山市大旅游宣传工作会议。

2000年1月6日，黄山市委书记臧世凯、常务副市长王忠武等视察牯牛降，指出保护越好，价值越大。
2000年1月9～10日，国家林业局有关领导、省林业厅副厅长王文等一行进行一期项目竣工验收。
2000年3月，安徽师范大学韩也良教授考察了牯牛降。
2000年6～8月，地委副书记谢德新、胡连松先后考察了牯牛降。
2000年6月，日本友人令村理一郎先生考察了牯牛降。
2000年8～11月，省人大副主任吴天栋、省旅游局副局长任伯朋、省委组织部副部长耿卫华、省交通厅梁副厅长先后考察了牯牛降。
2000年5～11月，上海东方电视台、山东电视台、中央4台、《新安晚报》、《池州日报》、安徽电视台、《安庆日报》、池州广播电视台、池州电视台、 《安徽日报》、《解放日报》、《铜陵日报》、中央7台、江苏常州电视台、安徽经济广播电台等新闻单位先后对牯牛降进行了采访报道。

2001年5月1日，牯牛降自然保护区石台管理站和石台县大演乡新农村、星火村合建的牯牛降龙门景区正式对外开放。
2001年7月4日，省政协一行来牯牛降调研。 2001年7月26日，省旅游局高局长在市旅游局局长桂林、石台县委书记张夏林陪同下考察牯牛降的生态旅游。 2001年9月1日，中国人民大学马中教授来牯牛降考察。 2001年10月25日，省农业厅郑之宽厅长来牯牛降考察。 2001年12月，GEF小型基金项目《安徽牯牛降国家级自然保护区开展生态旅游促进社区发展的研究》通过省级评审，报国家林业局验收。

2002年3月18日，中国科学院植物研究所博士后马克平、国家林业局保护司处长刘德旺一行检查验收GEF小型基金项目《安徽牯牛降国家级自然保护区开展生态旅游促进社区发展的研究》，项目获得通过。
2002年5月30日，省林业厅副厅长程鹏考察牯牛降。
2002年6月11日，国家林业局保护司严旬总工考察牯牛降。
2002年8月15日，省委书记王太华视察牯牛降。

2003年9月5日，国家林业局以“林计发〔2003〕148号”批复《安徽牯牛降国家级自然保护区总体规划》。

2004年3月，中央电视台《搜寻天下》栏目组来牯牛降拍摄《虎豹寻踪》、《一群人与一群鱼的故事》、《古油坊》五集系列片。 2004年9月16日，国家林业局保护司刘永范司长考察牯牛降。

2005年8月23日，国家林业局以“林计批字[2005]22号文”批准《安徽牯牛降国家级自然保护区二期建设工程可行性研究报告》。

2006年3月4日，省林业厅副厅长程鹏、办公室主任黄荣来、国合处处长邱辉、自然保护站站长顾长明考察牯牛降主峰。 2006年4月10日，国家林业局以“林护发［2006］58号”批复《安徽牯牛降国家级自然保护区生态旅游规划》。

2010年11 月20日，省政协副主席党组副书记郑牧民率省政协副秘书长汪沪敏，省政协人口源资环境委员会专职副主任陈金沙，省政协人口源资环境委员会办公室调研员周新 民、副主任王文丽等，在省林业厅厅长韩柏泉、巡视员程鹏，厅办公室主任王小明，省自然保护站站长顾长明，石台县政府县长李军，县政协副主席李林等陪同下， 对牯牛降国家级自然保护区石台管理站进行了考察。

2011年7月6日，《安徽牯牛降国家级自然保护区总体规划》（2011—2020）通过省林业厅组织的专家评审。

2012年5月9日—11日，以国家林业局自然保护区研究中心主任胡汉斌为组长的《安徽牯牛降国家级自然保护区总体规划》（2011—2020）国家林业局专家论证组在省林业厅党组成员、总工程师汤坚的陪同下来牯牛降自然保护区进行现场考察论证。
2012年5月21—22日，省环保联合会主席王秀智、省林业厅原厅长周蜀生一行，在省林业厅党组成员、总工程师汤坚的陪同下，对牯牛降的建设与管理进行了考察调研。
2012年10月23日，省委书记张宝顺一行，在市委书记陈强、市长赵馨群、石台县委书记巩加旺、县长李军等同志的陪同下考察了牯牛降国家级自然保护区和牯牛降风景区龙门景区。

2013年8月，安徽牯牛降国家级自然保护区石台管理站陈文豪同志荣获 “全国自然保护区工作先进个人” 称号。
2013年12月3日，省林业厅自然保护站党支部与牯牛降自然保护区石台管理站党支部开展“帮扶共建”活动。

2014年5月28日，江西武夷山国家级自然保护区管理局副局长程松林一行来牯牛降保护区石台管理站进行考察调研，双方探讨了各自保护区在野外巡护、保护与开发、课题科研、社区共建、景区建设等方面工作的情况。
2014年8月2日，《安徽牯牛降国家级自然保护区2014年中央财政补助资金实施方案》审查会在省林业规划设计院召开。与会专家一致通过《实施方案》评审。
2014年8月，安徽牯牛降国家级自然保护区被评为“安徽省森林旅游示范景区” 称号。

2015年4月10日，《安徽牯牛降国家级自然保护区建设项目（四期）可行性研究报告》论证会在合肥召开。论证委员会一致通过该《可研报告》，建议按专家意见进一步修改完善后，尽快报批实施。
2015年4月17日，省作协组织王蜀等第一批儿童文学作家一行三人，前往安徽牯牛降国家级自然保护区石台管理站进行采访。
2015年4月，牯牛降国家级自然保护区列入中国自然保护区子网站。

2016年3月25日，安徽牯牛降国家级自然保护区基础设施三期项目建设中的科研、标本陈列馆与大演林业站、牯牛降森林派出所三单位合建的科研业务用房正式动工，工程总造价约300万元。
2016年4月，中央财政补助资金项目——《安徽牯牛降国家级自然保护区石台管理站地理信息系统采购及安装项目》启动实施，此项目的建成旨在通过一个平台实现保护区资源及管理的信息化，实现基础地理信息、生物多样性数据库、以及文字、图片、音频、视频等科考资料有序系统管理。

2017年4月，牯牛降保护站与安徽大学联合开展生物多样性调查时发现国家二级重点保护植物——独花兰。这是在1983年牯牛降科考后出版的《牯牛降科学考察集》中提到独花兰后，该保护区30多年来首次野外发现独花兰。
2017年4月26日，国家林业局森林资源保护司副司长丁晓华一行在国家林业局驻合肥专员办潘虹副专员、刘国荣调研员，省林业厅森林资源保护处李拥军处长的陪同下来石台调研牯牛降国家级自然保护区的资源管理、目标责任制建立和执行情况，以及我县林业产业发展和生态林业扶贫情况。
2017年5月11日，石台县人民检察院驻牯牛降保护区生态检察工作站在牯牛降保护站挂牌成立。池州市人民检察院党组书记、检察长徐华兵和石台县委书记李军、副县长吴亚虎出席了揭牌仪式。
2017年7月21日，《人民日报》生态版大篇幅报道牯牛降保护区自然资源管理成效。
2017年10月27日，省督查组江贻东、赵雷雷一行来到牯牛降石台管理站开展“绿盾2017” 国家级自然保护区监督检查专项行动工作。
2017年11月2日，环保部等七部门组成的第七督查组在市政府夏吉苗、聂爱国副市长及市环保局负责人的陪同下到牯牛降保护区石台管理站进行“绿盾2017” 国家级自然保护区专项行动督查，县政府朱彩惠副县长、县环保局、林业局主要领导参加陪同。

2018年3月14日，国家林业局以林规字〔2018〕35号文批复《安徽牯牛降国家级自然保护区总体规划（2017-2026年）》