开展资源本底调查、加强科学研究是自然保护区摸清生物多样性资源和环境的本底情况，掌握其消长变化趋势，以便制定管护措施的一项重要基础工作，它既是实施有效保护，实现保护区管理目标的保证，又是获取科技信息，改善保护措施，提高管理水平，推动保护区发展的重要途径和科学依据。因此，安徽省林业厅和省科委于1983年6－7月，组织了一支多学科的综合科学考察队，对牯牛降自然保护区进行本底及资源等方面调查研究。野外考察包括地质、地貌、水文、气候、土壤、植被、动物、经济植物、森林资源、森林生态及病害、环境科学等专业，分为六个专业考察组，在南北坡共高四个考察基地和两个辅助考察点进行四十天综合考察，摸清了保护区的自然条件、自然资源、动植物区系成分、森林植被类型、珍稀濒危坳植物的生态分布等状况，提出了各学科专题报告和动、植物名录等第一手珍贵资料，并于1988年汇编出版了《牯牛降科学考察集》，为自然保护区的资源保护、总体规划和建设管理提供了科学依据。 
        建站后，我站非常重视科研工作，一方面加强科研队伍建设，注重职工的业务培训，提高业务素质和科研水平，同时积极与安徽师范大学、安徽大学等院校进行联系，建立长期合作关系，经常开展基础理论和应用研究课题。至今我站已先后完成“黄山松松针小卷蛾生活史观察”、“黄山松松针小卷蛾生物与化学防治”（1987年、1996年）、“黄山松纯林间伐、卫生伐促进林木生长试验”（1995年）、“西洋参在牯牛降高寒山区的引种试验”（1996-1998）年、“森林资源规划设计调查（95、2004年两次）”、“牯牛降珍稀植物调查”（1998年）、“松材线虫病常年监测”和中国野生动物保护协会批准的“棘胸蛙人工繁殖及保护利用”（1996-1997年）等课题研究和试验活动。1998年我站申报的GEF小型科研基金项目“牯牛降开展生态旅游促进社区发展的研究”，于2001年9月完成。课题研究成果已通过国家林业局GEF项目专家组验收，并获得专家们一致好评，而且其成果已应用到牯牛降的自然保护和生态旅游开发等工作中，促进了周边社区经济发展，取得了良好的社会效益和经济效益。通过课题研究在《安徽师范大学学报》、《安徽农业大学学报》、《安徽林业》、《安徽林业科技》、《野生动物》和《绿潮》等杂志上都发表了近20篇论文。
        牯牛降自然保护区第一次科考距今近三十年了，自然、社会等各方面环境条件都发生了很大变化，原来的数据资料已不能完全符合现状。因此，必须重新摸清牯牛降保护区的资源本底状况，掌握野生动植物资源的种类及分布情况，进一步量化国家重点保护野生动植物种群数量及分布范围等，建立和更新资源数据库，发布牯牛降保护区新的野生动植物名录，为制定保护、监测、科研、利用等方面提供科学依据。2012年，我们与安徽师范大学合作，由安师大承担牯牛降自然保护区资源本底调查工作。安师大成立了由7名教授、17名研究生（5名博士、12名硕士）及10名本科生组成的野外调查队伍，保护区安排技术人员参与并配合，调查人员分成植物、兽类、鸟类、两爬、鱼类、昆虫、真菌等小组，对牯牛降保护区进行全面的资源调查工作，现已基本完成了野外调查任务和物种的鉴定工作，同时完成了牯牛降周边社区的社会经济状况专项调查,目前已进行调查数据和资料的整理，正对调查成果进行总结和分析，即将提交资源调查报告，并着手准备后期的《牯牛降鸟类图谱》、《牯牛降蝶类图谱》《牯牛降真菌》等专业书籍的出版。